Mary Elle Fanning nasceu em Conyers, Geórgia em 9 de abril de 1998. Filha de Joy e Steven Fanning e irmã da atriz Dakota Fanning. Com apenas 1 ano de idade, em 1999 ela e sua família se mudaram para Los Angeles, Califórnia por causa de sua irmã mais velha, Dakota. Antes de ter papéis independentes, Elle costumava atuar como a versão mais nova de sua irmã, Dakota, nos filmes. Apenas em 2003, Elle ganhou seu papel independente no cinema, no filme “Daddy Day Care” (A Creche do Papai, em português). Quando foi fazer a audição para “The Door in the Floor” (Provocação) seu talento impressionou tanto que foi escalada sozinha para o papel, que originalmente tinha a intenção de escalar gêmeas. Elle frequentou a Campbell Hall School, mesma escola que sua irmã e alguns outros famosos frequentaram, como as irmãs Olsen. Ela também gosta de jogar futebol e frequentar a academia em Studio City.